甘肃医学院马克思主义学院成立于2018年11月，是学校党委直接领导的二级教学科研机构，主要承担全院本、专科学生的思想政治理论课教学、马克思主义理论研究及党和国家最新理论、政策的宣讲工作。

学院目前设有马克思主义学院党支部、办公室、教务科3个党政管理机构和“习近平新时代中国特色社会主义思想概论”“马克思主义中国化”“思想政治教育”“马克思主义基本原理”“形势与政策”“军事理论”6个教研室。面向全校学生开设思想道德与法治、中国近现代史纲要、马克思主义基本原理、毛泽东思想和中国特色社会主义理论体系概论、习近平新时代中国特色社会主义思想概论、形势与政策等6门思想政治理论必修课以及中共党史、新中国史、改革开放史、社会主义发展史等4门选择性必修课程及军事理论课。

学院现有思想政治理论课专职教师27人，其中高教管理研究员1人，副教授10人，讲师9人；博士研究生1人，硕士研究生14人，本科学历12人。

近年来，学院先后荣获“2020年先进基层党组织”、“平凉市理论宣讲先进集体”等荣誉称号，2023年获批第四批甘肃省思想政治理论课名师工作室。1名教师被评为“甘肃省优秀青年人才”、获“甘肃省技术标兵”称号1人、获“平凉市理论宣讲先进个人”1人，获平凉市“最美退役军人”1人，此外，还有多名教师被评为校级“优秀党员”“优秀教师”“先进工作者”等荣誉。近三年来，学院教师共主持省级、市级科研项目16项，发表学术论文40余篇，其中南大核心1篇，北大核心2篇，荣获“大学生领航计划”优秀奖3项，获甘肃省教育厅优秀教学案例二等奖1项，甘肃省大学生讲思政课三等奖1项。

学院始终坚持“马院姓马、在马言马”的鲜明导向，围绕学校医学人才培养目标，坚持不懈用习近平新时代中国特色社会主义思想铸魂育人，努力发挥好马克思主义学院意识形态“主阵地”、思想政治理论课意识形态“主渠道”和思想政治理论课教师队伍“主力军”作用。