学校设有马克思主义学院、临床医学系、基础医学院、预防医学系、皇甫谧针灸学院、药学系、中医药系、护理系、公共课教学部和继续教育学院10个二级教学机构，设有图书馆、信息中心2个教学辅助机构，开设有临床医学、预防医学、针灸推拿学、儿科学、康复治疗学、药学、中药学、护理学、助产学、医学检验技术10个本科专业。

学校现有临床医学、护理学、医学检验技术3个省级一流专业建设点，建成《医学遗传学》等国家级、省级一流课程15门、有5门省级精品资源共享课程、4个省级教学团队。学校组建以来，获省级教学成果奖3项，省级教改项目52项；大学生创新创业训练计划项目国家级 34项、省级73项；厅局级以上各类科研项目256项，发表学术论文1473篇，其中核心期刊及以上论文241篇，主编、参编教材245部、专著43部，授权专利256项，各类科研奖励32项。

学校有1家直属附属医院、2家非直属附属医院、39个校外实践教学基地、4个社区基地、7个实验教学中心，其中省级实验教学示范中心4个。建有全国基层西学中能力建设带教基地、国家医师资格考试中医类别实践技能考试基地、基层西学中能力建设工程项目带教基地。直属附属医院建有全国肝炎患者教育基地、甘肃省骨科研究所平凉分所、甘肃省肝胆胰外科研究所平凉分所、兰州大学临床医学院肿瘤防治中心平凉分中心。

“十四五”期间，学校以习近平新时代中国特色社会主义思想为指导，全面贯彻党的教育方针，遵循医学教育规律和医学人才成长规律，坚持党建统领，按照学校第一次党代会确立的“12226”发展思路，深化改革、提升内涵。扩大开放、加快发展，努力建设开放的现代化新型应用型高等医学院校，为健康甘肃贡献甘医力量。